1927 - L'Istituto di Storia delle Scienze
Dopo l'Unità d'Italia le collezioni furono smembrate e distribuite tra diversi istituti universitari. Lo stato di degrado fu denunciato nel 1922 dai promotori del “Gruppo per la tutela del patrimonio scientifico nazionale”. Grazie al loro impegno, nel 1927 fu fondato l'Istituto di Storia delle Scienze con il compito di “raccogliere, catalogare, restaurare” le testimonianze materiali della scienza.
1929 - L’Esposizione Nazionale
Per iniziativa del nuovo Istituto fu organizzata nel 1929 la Prima Esposizione Nazionale di Storia della Scienza alla quale aderirono numerose istituzioni italiane. La manifestazione mise in luce l'entità del patrimonio, la sua diffusione sul territorio nazionale e il precario stato di conservazione. In seguito a questa mostra, nel 1930, l'Università di Firenze decise di inaugurare nella sede di Palazzo Castellani l'Istituto di Storia della Scienza con annesso Museo, al quale affidò la collezione degli strumenti mediceo-lorenesi.
1966 - L'alluvione
Dopo i danni provocati dai bombardamenti che distrussero i ponti del Lungarno alla fine della seconda guerra mondiale (1944-45), un duro colpo alla collezione fu inferto dall'alluvione del 1966. Gli strumenti che allora si trovavano nel sottosuolo e al piano terreno del Museo furono gravemente danneggiati. Grazie alla solidarietà internazionale e all'energia di Maria Luisa Righini Bonelli, allora direttrice del Museo, fu possibile completare rapidamente il recupero degli strumenti, riaprire al pubblico le sale espositive e ridare impulso alle raccolte librarie e all'attività di ricerca.
